Kök kanal tedavisinden sonra bir parodontitis apicalis (kök ucunun iltihabı) oluştuğunda, daha doğrusu doğru kök tedavisine rağmen daha önceden mevcut bulunan iltihap tekrar geri çekilmezse, kök ucu rezeksiyonu için endikasyon sık sık görülür. Genelde tekrarlanarak yapılan endodontik tedavi başarı sağlamaz. Diğer endikasyonlar aşağıda belirtilmiştir.

• Derin kök fraktürü;
• Kök kanal enstrümanlarının derinden kırılması;
• Yapıştırılan çapa yapılı dişlerde apikal iltihaplanma.

Apikal iltihap, organizmanın kök kanalındaki bakterilere karşı reaksiyonudur. Kök ucundaki kemik yerine özel bir iltihap dokusu kullanılır. Sıkı, kireçlenmiş, daha doğrusu tıkanmış kök kanallarında ve hassas dallanmış apikal kenar kanallarda kök kanalının hazırlanması zorlaşır veya mümkün olmaz. En ince kanal enstrümanları tarafından bile tedavi edilemeyen sorunlu bölgelerde bakteriler geride kalır.

Mukoza kesitine ve ilgili kök ucu üzerinden kemiği serbest bulundurulmasından sonra kemik ve kök ucu aşındırılır ve iltihaplı doku alınır. Bundan sonra ise kök kanalı, düz olarak (yani kurondan itibaren) veya geri dönüşlü olarak (kök ucundan itibaren) uygun bir dolgu malzemesi ile bakterileri sızdırmayacak bir şekilde kapatılır.