Корневые кисты образуются только у девитальных зубов, у которых имело место воспаление на верхушке корня. Точная диагностика кисты возможна только при проведении гистологического исследования, так как мягкие ткани при апикальном пародонтите на рентгене напоминают кисту. Возникновению кисты предшествует отмирание пульпы. Бактерии заселяют корневой канал и вызывают воспаление у верхушки корня (апикальный пародонтит). В результате этого воспаления развивается корневая киста, обычно безболезненная. При этом возникшая вокруг верхушки зуба полость заполняется мутной жидкостью.