Фолликулярный кисты образуются только у неправильно расположенных зубов. Их эпителиальная выстилка происходит из клеток зубного мешочка, называемого фолликулом. Остаточные (резидуальные) кисты также имеют одонтогенное происхождение (связаны с зубами). Они развиваются, как правило, из корневых или фолликулярных кист. После удаления соответствующих зубов они зачастую продолжают незаметно расти в челюстной кости.

Наряду с одонтогенными кистами существуют кисты мягких тканей, локализующиеся главным образом в слизистой оболочке губы или щеки. Мукоцеле представляет собой ретенционную кисту слюнной железы или ретенционную слизистую кисту. Закрытие выходного отверстия при этом приводит к застою секрета.