Частичное удаление показано в случае больших кист. Этот способ лечения является щадящим по отношению к корням и нервам. Вначале осуществляется открытие слизистой оболочки и кости перед кистой. Затем в кисте вырезается отверстие, оболочка кисты остается в кости. За счет тампонады эта полость остается открытой и таким образом становится придатком ротовой полости. Так как такая открытая киста уже не может расти, эта полость в кости со временем уменьшается.