Cystektomia to całkowite operacyjne usunięcie niewielkiej torbieli wraz z następującym po tym zamknięciem rany. Po nacięciu błony śluzowej mieszek torbieli zostaje całkowicie usunięty. Operację tę można połączyć z resekcją wierzchołków korzeni zębowych. Po zabiegu błona śluzowa nad ubytkiem kostnym zostaje szczelnie zaszyta. Pozostawienie resztek torbieli może prowadzić do powstawania nowych torbieli.