Najczęstszym wskazaniem do resekcji wierzchołka korzenia zęba jest zapalenie tkanek okołowierzchołkowych (parodontitis apicalis) w następstwie leczenia kanałowego lub utrzymywanie się zapalenia pomimo poprawnie przeprowadzonego leczenia endodontycznego. Często nawet powtórne leczenie kanałowe nie przynosi efektów. Inne wskazania to:

• głębokie złamanie korzenia,
• utknięcie złamanego narzędzia kanałowego głęboko w kanale,
• zapalenie tkanek okołowierzchołkowych przy zębach z zacementowaną nadbudową, stanowiących zakotwienie dla uzupełnień protetycznych.

Zapalenie tkanek okołowierzchołkowych jest reakcją organizmu na bakterie obecne w kanale korzeniowym. W miejscu kości w okolicy wierzchołka korzenia pojawia się swoista tkanka zapalna. Przy wąskich i zwapnionych bądź zarośniętych kanałach oraz drobnych i rozgałęzionych kanałach bocznych opracowanie kanałów korzeniowych może być utrudnione lub niemożliwe. W najwęższych miejscach, do których nie można dotrzeć nawet najcieńszymi narzędziami endodontycznymi, pozostaną bakterie.

Po wycięciu okienka w błonie śluzowej i odsłonięciu kości nad wierzchołkiem danego korzenia usuwa się kość i wierzchołek korzenia oraz tkanki dotknięte zapaleniem. Następnie kanał korzeniowy zostaje szczelnie zamknięty odpowiednimi materiałami od strony korony zęba lub od strony wierzchołka korzenia.