Le cisti radicolari si formano solo in connessione con denti non vitali che presentano un’infiammazione localizzata all’apice radicolare. Una diagnosi corretta è solo possibile tramite un esame istologico, poiché i tessuti molli di una parodontite apicale nell’indagine radiologica risultano simili ad una cisti. La formazione di una cisti è sempre preceduta da una necrosi pulpare. I batteri colonizzano il canale radicolare e scatenano un’infiammazione a livello dell’apice della radice, ovvero una parodontite apicale. Da tale infiammazione apicale prende origine una cisti radicolare, generalmente asintomatica. La cavità così formatasi intorno all’apice radicolare contiene liquido torbido.