L’indicazione più frequente per una apicectomia è data quando a seguito di un trattamento canalare si ha l’insorgenza di una parodontite apicale (infiammazione dell’apice radicolare) oppure se un’infiammazione già presente non regredisce nonostante un corretto trattamento della radice. Spesso una ripetuta terapia endodontica non è efficace. Ulteriori indicazioni sono:

• presenza di una profonda frattura della radice;
• presenza in profondità di strumenti per la preparazione del canale radicolare rotti;
• presenza di un’infiammazione apicale in denti con strutture di ancoraggio cementate.

L’infiammazione apicale costituisce la reazione dell’organismo alla presenza dei batteri nel canale radicolare. L’osso intorno all’apice radicolare viene sostituito da un tessuto infiammatorio particolare. Il trattamento del canale radicolare può essere complicato o impossibile in presenza di canali radicolari stretti, sclerotici od otturati e di canali laterali apicali con ramificazioni fini. I batteri permangono nelle zone problematiche che è impossibile trattare persino con i più sottili strumenti per la preparazione del canale radicolare.

Eseguita l’incisione della mucosa ed una volta esposto l’osso sul rispettivo apice radicolare, si asportano l’osso e l’apice della radice e si rimuove il tessuto infiammato. Il canale radicolare può poi essere otturato per via ortograda (cioè a partire dalla corona) o per via retrograda (a partire dall'apice radicolare) con un materiale appropriato al fine di eliminare la contaminazione batterica.