Les kystes radiculaires n’apparaissent que sur des dents dévitalisées avec inflammation apicale. Le diagnostic exact de kyste n’est possible qu’après un examen histologique, car à la radiographie, le tissu mou d’une parodontite apicale a sensiblement le même aspect qu’un kyste. L’apparition d’un kyste est généralement précédée d’une nécrose de la pulpe. Des bactéries colonisent le canal radiculaire, provoquant une inflammation sur l’apex radiculaire (une parodontite apicale). Cette inflammation apicale entraîne la formation d’un kyste radiculaire, généralement indolore. La cavité qui se forme alors autour de l’apex radiculaire est remplie d’un liquide trouble.