En el caso de que en la periodoncia quirúrgica deban cubrirse secciones de raíz dental descubiertas (llamadas recesiones gingivales), se utilizará para ello un transplante de mucosa. Con ayuda de un mucotomo (un cepillo especial para mucosa) se extrae de la mucosa del paladar o de la mejilla un trozo delgado, con el que se cubrirá el defecto.

La encía de fijación actúa en el vestíbulo como un tampón entre la encía marginal y la mucosa labial y de la mejilla móvil gracias a la fuerza del músculo. Un borde de la encía de fijación, excesivamente delgado por causa de la contracción, no puede absorber las fuerzas musculares, de manera que la encía marginal resulta rasgada por los movimientos y se inflama. Para que no haya más daños parodontales, debe realizarse una vestibuloplastia. Para ello se desprende la mucosa vestibular móvil y la musculatura, cubriéndose la herida perióstica con un transplante de mucosa de la zona de la mejilla o del paladar duro, si la dimensión es mayor incluso con transplante de piel de la superficie corporal.