Las enfermedades más frecuentes del periodoncio son la gingivitis (inflamación de las encías) y la periodontitis (inflamación del aparato periodontal). En la gingivitis, la expansión de la enfermedad está limitada a la encía. En el caso de la periodontitis se ven implicados todos los tejidos del periodoncio (encías, hueso alveolar, ligamento periodontal y cemento dental).