La quistectomía es la extracción quirúrgica completa de un pequeño quiste con sellado posterior de la herida. Tras cortar la mucosa se elimina completamente el saco quístico. Dicha operación puede combinarse asimismo con una resección de la punta de la raíz. A continuación, se procede al sellado de la mucosa por encima del defecto óseo. De quedar restos del quiste pueden formarse nuevos quistes.