La gingivitis y la periodontitis también son enfermedades de la mucosa bucal. Si van más allá de la zona del tejido periodontal y afectan a la totalidad de la mucosa, hablamos de una estomatitis. Si esta inflamación queda limitada a la zona de una prótesis dental instalada, recibe el nombre de estomatitis protésica. En este caso también debemos pensar en la posibilidad de una reacción alérgica local a determinados materiales de las prótesis dentales.

La candidiasis es una infección por hongos de la mucosa. El agente patógeno es la candida albicans, un hongo que se encuentra en casi todas las cavidades bucales. Si la enfermedad aparece con sus placas blancuzcas eliminables sobre la mucosa, debe pensarse siempre en enfermedades básicas que puedan conllevar una debilitación del sistema inmunológico (p. ej. SIDA, leucemia).

El épulis es tejido que sobresale del periodoncio. La coloración puede variar entre rosa pálido y rojo oscuro en base al porcentaje de vasos sanguíneos implicados. La terapia consiste en la eliminación (excisión). El épulis tiende a ser recidivo. No obstante también pueden desaparecer de forma espontánea. 

La leucoplaquia es una alteración blancuzca permanente de la mucosa, que no puede asignarse a ninguna otra enfermedad. Dependiendo de su posición (lengua, mejilla, paladar, etc.) y de sus características superficiales puede degenerar. Por este motivo está clasificada como precancerosa. Una excisión de una muestra debe aclarar el nivel de riesgo.

Las aftas son alteraciones inflamatorias de la mucosa bucal muy dolorosas y localmente delimitadas. Se muestran como una mancha blanca, redondeada y del tamaño de una lenteja con un borde rojo. Muy a menudo las causas son confusas.

Una rágade (boqueras o grietas) es en la mayoría de los casos una fisura cutánea que se cura sin dejar cicatriz, p. ej. en los labios y en las comisuras de los labios. Se humidifican y se rasgan constantemente al abrir la boca. Pueden estar provocadas por estrés o por disfunciones de salud (enfermedades por falta de alguna sustancia o debidas a hongos, infecciones). Las causas ortodónticas más frecuentes son una mordedura excesivamente profunda, debida por ejemplo a unas hileras de dientes desgastadas (dentadura desgastada) o unas malas prótesis dentales (con una altura de mordedura errónea).

En la cavidad bucal pueden surgir puntos de presión, heridas por presión (decúbito) y úlceras por presión (úlcera) o alteraciones de la mucosa con necrosis (muerte del tejido). Ello puede ser por ejemplo achacable a unos aparatos maxilortopédicos, prótesis mal asentadas, sobrecarga de una parte de la prótesis por mala oclusión.

En casos de aplicación local (empleo local) o incluso en casos de dosificación sistémica los medicamentos pueden provocar efectos secundarios y daños en la mucosa. Ello incluye corrosiones provocadas p. ej. por ácidos, desinfectante, sustancias que contengan alcohol-fenoles. A ello hay que añadir que los efectos secundarios debidos a medicamentos pueden favorecer o provocar ulceraciones de la mucosa, erosiones u infecciones por cándida. Las reacciones alérgicas en la zona de la cavidad bucal pueden deberse al contacto directo con una sustancia de un medicamento, con materiales ortodónticos, antisépticos bucales, estimulantes naturales, cosméticos. Las reacciones alérgicas por contacto en los labios son indicadas p. ej. con un hinchamiento inflamatorio, ampollas y rágade. En la mucosa bucal, la alergia por contacto se manifiesta con inflamaciones de la mucosa, hinchazones, hiperplasias inflamables, formación de ampollas. Otros signos adicionales pueden ser quemazones, sensación de calor, alteraciones del gusto y náuseas.

En determinadas enfermedades infecciosas también se producen alteraciones de la mucosa, especialmente en las enfermedades infantiles. Los síntomas que se detectan en la cavidad bucal, pueden ser evaluados para obtener un diagnóstico (p. ej. en caso de sarampión, escarlatina, varicela, difteria, paperas, tifus, tuberculosis, sífilis).