Die Zystostomie als Behandlungsmethode für große Zysten macht es möglich, benachbarte Zahnwurzeln und Nerven zu schonen. Schleimhaut und Knochen werden über der Zyste eröffnet. Entlang der Knochenöffnung wird ein Fenster in die Zyste geschnitten, der so genannte Zystenbalg bleibt im Knochen. Durch ein Austamponieren bleibt diese Höhle offen und wird dadurch zu einer Nebenbucht der Mundhöhle. Da die Zyste durch das Öffnen keine Wachstumsmöglichkeit mehr hat, wird diese Knochenhöhle mit der Zeit immer kleiner.